Hay poca documentación de la historia del actual territorio de Sudán del Sur. Solo se sabe hasta el siglo XIX por información de pueblos nilóticos como los dinka, nuer, shilluk y otros, entraron por primera vez a Sudán del Sur en algún momento antes del siglo X. Durante siglos, las barreras geográficas impidieron el avance del Islam hacia el sur del Sudán, manteniendo el dominio avungara y el patrimonio social y cultural de las diversas etnias que habitaron el actual Sudán del Sur. Intentos de colonización por parte de franceses y belgas fueron repelidos por guerrillas avungara y azandes. Egipto, en ese entonces un estado vasallo del Imperio otomano, dominaba el territorio del actual Sudán desde 1821 y realizó su primer intento expansionista al sur cuando en la década de 1870, el jedive Ismail Pasha crea la provincia de Ecuatoria. Tras la independencia egipcia, los reyes de Egipto exigieron la incorporación del Sudán en su totalidad bajo su dominio, lo cual fue rechazado por el Reino Unido. La incapacidad de los egipcios de recuperar el Sudán despertó tanto los sentimientos revolucionarios en Egipto como los independentistas en Sudán. Aunque la idea original de los europeos era incorporar el sur del Sudán a su protectorado en Uganda, finalmente se decidió acabar con el régimen diferenciado y tener una colonia unificada, pese a las protestas de los sectores del sur. Tras años de enfrentamiento, el conflicto terminó oficialmente con la firma de un acuerdo de paz en enero de 2005 entre el gobierno de Sudán y el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán ( ELPS ). Tras esos resultados, el gobierno sudanés de Omar al - Bashir aceptó la división del país, que se llevó a cabo el 9 de julio de 2011 cuando se proclamó oficialmente la República de Sudán del Sur.
Sudán del Sur abarca 644 329 km² de superficie.4 Posee fronteras con Sudán al norte, Etiopía al este, Kenia, Uganda y la República Democrática del Congo al sur y con la República Centroafricana al oeste. La relación entre el autónomo sur de Sudán y los Estados o regiones vecinas de Sudán de Nilo Azul (45.844 km²), Abyei (10.000 km² aprox) y los Montes Nuba (48.000 km² aprox) aún no han sido definitivamente resuelta, aunque por ahora se mantienen en el norte. Las tres áreas de los Montes Nuba, Abyei y el estado de Nilo Azul son culturalmente parte del Sur, pero de acuerdo con el Acuerdo General de Paz (CPA) tienen administraciones separadas hasta que se celebre los referendums (previstos para 2011 y llamados "consultas populares") en el cual tendrán la opción de unirse al sur o permanecer bajo la administración del Norte.